Wie kann ich dies realisieren? Oder gibt es evtl. noch andere Möglichkeiten zu vergleichen, welche der beiden Server länger läuft??
Warum so umständlich? Übertrag doch einfach die Daten von beiden Servern und schau nach, wo Lücken sind. Mit deinem Ansatz würdest du Sonderfälle nicht erkennen, z.B. mehrere Reboots oder wenn beide Server rebootet würden.
Ansonsten: wenn du nicht direkt auf dem Server ein "uptime" absetzen willst, kannst du die Information AFAIK auch per SNMP bekommen. snmpget ist standardmäßig dabei, die OID mußt du dir aber selber rausfieseln.